故事围绕九尾狐三生三世的千年宿命与定海神针展开。远古青丘，九尾白狐女娇遵师嘱入世，邂逅治水的大禹，凭龙族信物借出东海定海神针，助夫君镇压作乱蛟龙、平定洪荒水患，二人结为夫妻。为保全大禹圣王名望，女娇自愿被封印轩辕坟千年。 封印松动后，女娇受女娲之命附身苏妲己入商宫，奉命惑乱殷商气运，却在世事裹挟下酿成惨祸，残害众多忠臣，最终于斩妖台遭杨戬、哪吒等人围剿身死，幸得太上老君收留一缕残魂。 三千年岁月流转，残魂凝形化作平顶山莲花洞老狐，抚养老君下凡的金角、银角二童子。唐僧师徒西行途经此地，孙悟空手持当年女娇借出的定海神针与其相逢。宿命相逢，老狐坦然赴死，了结跨越三千年的因果。最终女娇魂魄归往青丘，与大禹虚影重逢，千年情缘尘埃落定。
元都市突降特大暴雨。风雨中，一位六十五岁的阿姨拉着买菜小车，步履艰难却异常坚定，她循着快递地址找到女儿的合租屋，未经允许便动手将这间乱如垃圾堆的屋子彻底清扫。大扫除时，她与冰箱深处一块顽固积冰狭路相逢，一番较劲后硬生生凿下厚冰。出于节俭，她将冰块融化烧开，用热水泡脚，因太过舒适，她不知不觉昏睡过去。等她在黑暗中醒来时，她已不再是她，而是一只令人毛骨悚然的巨型怪虫。
继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。
