1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。 1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。
香港早期，大量难民涌入，龙蛇混集。潮州人杨群带年幼的小凤和阿华（刘德华 饰）来港，不料投靠的朋友刚好去世，于是他独自抚养小凤、阿华和良仔。数年后，良仔（万梓良 饰）不学无术，沉迷赌博，结果欠下一笔巨款。阿华为救他被殴打致伤，并引来黑势力大佬的追杀，走投无路的他向周（周润发 饰）求救。周因阿华的英勇和义气将他留在身边并委以重任，使阿华继而平步青云；良仔轻佻浮躁，不得周的垂青，却因此对阿华怀恨在心。良仔勾结黑帮大佬杀死了得到周庇护的泰国毒枭（李修贤 饰），周要杀良仔报仇，后经阿华求情才获生路。但良仔不思悔改反要杀阿华，并策划在周结婚之日大开杀戒……
为了研究抗癌特效药，探险团队前往失落的孤岛寻找一种远古植物-火狱蔓莲，却在岛上遭遇了远古生物的袭击并发现了侏罗纪遗址，在经历万难，获得花蕊之后，众人再次遭到了迅猛龙追击，最终团队四散，只有三人在危机之中逃了出来，乘船离开了孤岛。
摸金校尉胡八一等人，在金盆洗手后协助友人明叔前往南海打捞珍珠，不料遭遇海难、坠入海底，却意外发现了一个沉没在海底的千年古国遗迹，他们在海底历经了重重艰险，最终团结合作战胜深海巨兽，并巧妙利用遗迹内的机关装置逃生
1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。 重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。
在离开了犯罪和暴力的生活后，雷改过自新，在郊区享受着平静的家庭生活。但当他的过去被发现后，雷被胁迫犯罪，最终发现陷入阴谋同时自己也受了伤，他所爱的人更是生命危在旦夕，雷不得已只能以暴制暴。
